知識產權海關保護備案，是指知識產權權利人為了尋求海關對其知識產權實施依職權保護，按照《知識產權海關保護條例》的規定，將其擁有的商標專利權、著作權和與著作權有關的權利、專利權的法律狀況、使用該權利的商品以及侵犯該權利的貨物進出口等情況以書面形式通知海關總署的制度。知識產權權利人向海關總署辦理備案，具有以下意義：

是海關采取主動保護措施的前提條件

根據《知識產權海關保護條例》的規定，知識產權權利人如果事先將其知識產權向海關備案，海關對其發現的侵權貨物則有權主動中止其進出口，并對侵權貨物進行調查處理；

有助于海關發現侵權貨物

知識產權權利人在申請備案時，需要提供有關知識產權的法律狀況、權利人的聯系方式、合法使用知識產權情況、侵權嫌疑貨物情況、有關圖片和照片等情況，使海關有可能在日常監管過程中發現侵權嫌疑貨物并主動予以扣留。所以，事先進行知識產權備案，可以使權利人的合法權益得到及時的保護；

知識產權權利人的經濟負擔較輕

根據海關總署關于《知識產權海關保護條例》的實施辦法規定，在海關依職權保護模式下，知識產權權利人向海關提供的擔保最高不超過人民幣10萬元。如果知識產權權利人事先未進行知識產權備案，必須提供與其要求扣留的貨物等值的擔保。這點對商標權人尤為重要；

可對侵權人產生震懾作用

由于海關對進出口侵權貨物予以沒收并給予進出口企業行政處罰，盡早進行知識產權備案，可以對那些過去毫無顧忌地進出口侵權貨物的企業產生警告和震懾作用，促使其自覺地尊重有關知識產權。此外，有些并非惡意出口侵權產品的企業也可能通過查詢備案，了解其承攬加工和出口的貨物是否可能構成侵權。從而避免發生由于海關扣留貨物而遭受經濟損失。